Стучит скорее всего выжимной подшипник. В самом плохом случае - маховик кончается. Коробка снимается из ямы, но нужно заваливать двигатель назад, чтобы было удобно отворачивать коробку от блока. Для этого настоятельно рекомендую не полениться и снять радиатор и термомуфту. Тогда мотор можно завалить так, что верхние болты отворачиваются вообще без всяких танцев с бубном - просто длинным удлинителем (ха-ха, каламбур).
Мой фетиш - А. Фогель