Suchkov, GPS пассивная система, она принимает сигналы от нескольких спутников и на основании расчетов вычисляет текущее местоположение.
Для поиска автомобиля необходимо, что-бы текущее местоположение, определенное с помощью GPS приемника, было передано на какой удаленный терминал (компьютер, наладонник и т.д.) посредством любого вида связи (обычно GSM/GPRS связь).
Видя на терминале где находится машина, ее можно найти.
Против такого обычно угонщики могут использовать глушилки, мешающие передать информацию.
В магнитоле (а скорее это мультимедийный центр), же, GPS подсоединен ко встроенному компьютеру, который получая Ваше местоположение показывает его на картах, вычисляет маршруты и т.д. Как я уже писал, подключится к самому GPS приемнику вряд ли получится (по крайней мере не влезая в схему мультимедийного центра машины).
Естественно, если магнитола выключена, GPS приемник тоже выключается, хотя может он и продолжает работать, что бы при включении магнитолы быстрее определять местоположение, но это и не важно - это уже внутренняя организация работы магнитолы.